سه دختر مکرمه حضرت امام، خانم‌ها صدیقه مصطفوی همسر مرحوم آیت‌الله اشرفی، خانم فریده مصطفوی همسر جناب آقای حسن اعرابی و خانم دکتر زهرا مصطفوی همسر آقای دکتر محمود بروجردی می‌باشند و دو فرزند پسر ایشان، آیت‌الله شهید حاج آقا مصطفی خمینی و حجت‌الاسلام والمسلمین حاج سید احمد خمینی بودند.

امین و مورد وثوق امام
آقا مصطفی، امین و مورد وثوق امام بود. محرمانه‏ ترین پیامها از طریق او به امام می‏ رسید و یا پیامهایی از طریق او به دیگران انتقال می‏یافت. زمانی که امام در سال 1342 در قیطریه تهران تحت نظر بودند، تنها رابط مشخص و مجاز ایشان مصطفی بود. پس از آزادی امام و بازگشت به قم در فروردین 1343 نیز همراه امام بود. در زمان تبعید امام به ترکیه نیز، پس از آزادیشان از زندان به وی پیوست و در آنجا مراقب سلامتی و تغذیه او بود. در عراق بیش از هرجا و زمان دیگر احساس مسئولیت می‏کرد و سعی می‏کرد که ایشان را تنها نگذارد. امام، از ایشان به عنوان «امید آینده اسلام» نام برده ‏اند.

سید مصطفی خمینی با دختر مرتضی حائری وصلت کرده اند.  خدیجه ثقفی، همسر امام خمینی(ره) درباره اینکه چگونه این وصلت صورت گرفته است، می‌گوید: «یک وقت شایع شد که با آقا مرتضی حائری وصلت کرده‌ایم‌، به‌طوری که مصطفی می‌گوید: وقتی آقای حائری از صحن حرم بیرون می‌آید، رفقا می‌گویند که پدر زنت آمد. این شایعه به گوش آقا رسیده بود و یک شب آقا از من پرسید که دختر آقای حائری را دیده‌ای‌؟ من هم کمی توضیح دادم‌. آقا گفت‌: چطور است این دروغ را راست کنیم‌؟ گفتم که هرطوری صلاح می‌دانید. فردا صبح هم آقا پیغام فرستاده بود و ظهر، آنها جواب داده بودند و باز آقا پیغام داده بود که همان شب بروند برای صحبت‌؛ بعد به ما خبر دادند که مردها رفته‌اند و ما زن‌ها هم بعداً رفتیم و قرار عقد گذاشته شد.» این عقد در 24 سالگی سید مصطفی خمینی و در تاریخ 17 فروردین 1333 صورت گرفت.  آقا مصطفی در تحصیل علوم نیز بسیار کوشا بود.

مرحوم حاج آقا مصطفی خمینی از آغاز فعالیت‌های سیاسی همواره مورد تهدید نیروهای امنیتی قرار داشت و با توجه به تلاش گسترده او جهت زنده نگهداشتن نهضت امام خمینی در ایران و عراق، از سوی مقامات ایرانی و عراقی شدیداً مورد توبیخ قرار گرفت. به همین جهت زمانی که درگذشت ایشان منتشر شد برای هیچ یک از انقلابیون قابل قبول نبود که فوت وی به صورت طبیعی اتفاق افتاده باشد، مضاف بر اینکه تا آن زمان نشانی از بیماری‌ جدی در او دیده نمی‌شد. به نوشته سایت مرکز اسناد انقلاب اسلامی یکی از اولین کسانی که از شهادت مرحوم حاج مصطفی مطلع شد سید محمود دعایی بود. او اتفاقات شب و روز شهادت سید مصطفی خمینی را چنین شرح می‌دهد:

« آن روز صبح، من برای تهیه نان بیرون رفته بـودم. هـنـوز آفـتاب نزده بود، دیدم، ننه صغری که بسیار مورد احـتـرام ما بود؛ فریاد می کشد و پای برهنه می دود و به سرش می زنـد. من از دیدن این صحنه بسیار متأثر شدم. پیرزن می گفت: خاک بر سرم شد، آقا بدو. من فوق العاده وحشت زده شدم و به ذهنم چیز دیگری آمد. گفتم؛ چی شده؟ گفت: آقا مصطفی مریض است. سراسیمه رفتم دیدم که آن مرحوم پشت سجاده شان دراز کشیده‌اند.  ابتدا بسیار تلاش کردم با پزشکان بیمارستان نجف تماس بگیرم ولی ایـن توفیق را نداشتم، بلافاصله خود را به بیمارستان رساندم، آن هـا آن قـدر آمـادگی نداشتند که یک آمبولانس بفرستند، این لحظات بـرای مـن بـسـیـار سخت می گذشت. آن جا تصمیم گرفتم این خبر را بـدون ایـن کـه ایجاد وحشت و نگرانی کند به منزل امام برسانم ـ ایـن طـور خبرها را باید خیلی حساب شده و به اصطلاح با ظرافت به بـسـتگان رساند ـ طلبه ای آن جا بود، به او گفتم:  به منزل امام مـی روی و فـقـط احمدآقا را خبر می کنی و می گویی خیلی فوری به مـنزل اخوی سر بزند. آن طلبه هم رفت و احمد آقا را صدا زد و ما مـوفـق شـدیم با یک تاکسی که به زحمت می توانست به کوچه بیاید، ایـشـان را بـه بـیمارستانی منتقل کنیم. متاسفانه در بیمارستان پـزشـک کشیک پس از معاینات اولیه تشخیص داد ایشان از دنیا رفته اند.  بـا عـلائـمی که روی پوست بدن وجود داشت، مشخص بود که مرگ طبیعی نـبـوده است و ناشی از مسمومیت می باشد. در خارج از بیمارستانی که حاج آقا مصطفی(ره) را به آن جا انتقال دادیم، یک ماشین نمره تـهـران بـود کـه پس از شنیدن خبر مرگ ایشان به طرف بغداد حرکت کرد. در همان لـحـظـات اولیه که امام از مرگ فرزند آگاه شده بودند. »

مقام معظم رهبری مرحوم سید مصطفی خمینی را یکی از شخصیت های بالقوه و بالفعل اسلام دانسته و تاکید کردند: «روزی که ایشان شهید شدند، در حدود سنین 48 - 47  سالگی بودند و در آن سن جزء ممتازین کسانی بود که در حوزه های علمیه قم ، نجف ، مشهد و... وجود داشت، بنده ایشان را به عنوان یک چهره برجسته حوزه علمیه قم از سالهای قبل می شناختم»

منع از فعالیت سیاسی
تنها پسر مصطفی خمینی، حسین نام دارد. او از ابتدای انقلاب به فعالیت‌های سیاسی پرداخت، فعالیت‌هایی که با خط انقلابیون پیرو خط امام زاویه داشت. 
در سال 59 بعد از غائله ای در مشهد مسئولین کمیته با دفتر امام تماس می گیرند و پیغام به امام داده می شود که آقای سید حسین خمینی نوه شما در مشهد از بنی صدر دفاع کرده، مردم به او هجوم آوردند دست به اسلحه برده ما چه کار کنیم؟ امام به مرحوم آیت الله اشراقی می فرمایند که به مسئولین کمیته مشهد پیغام دهید که سید حسین خمینی تحت الحفظ به تهران اعزام شود و اگر دست به سلاحش برد او را با تیر بزنند.
امام خمینی در نامه ای به این نوه خود او را از ورود به عرصه سیاسی منع می کند و می نویسد که «من علاوه بر نصیحت پدری پیر، به شما امر شرعی می‌کنم که در این بازی‌های سیاسی وارد نشوی و واجب شرعی است که از این برخوردها احتراز کنی؛ من به شما امر می‌کنم به حوزه علمیه قم برگرد و با کوشش، به تحصیل علوم اسلامی و انسانی بپرداز».
حسین خمینی، پسر 46 ساله آیت‌الله مصطفی خمینی، بعد از فوت امام (ره) هم وارد سیاست شد ،در سال 1383 به ایالات متحده آمریکا و عراق سفر کرد و دیدارهایی هم در آن کشور داشت.

رابط امام و مردم
سید احمد خمینی دومین فرزند پسر سید روح‌الله خمینی، بنیانگذار جمهوری اسلامی ایران است. احمد خمینی در سال‌های پس از انقلاب در سازماندهی روابط روح‌الله خمینی با مسئولان نقش مهمی داشت. دفتر امام خمینی جایگاهی بود که در ادوار پرحادثه و پرخاطره انقلاب، کانون توجه دوست و دشمن بود. حاج احمد آقا با تأسی به پدر بزرگوار خویش و بهره گرفتن از شیو? مدیریت عالی امام، دفتری را مدیریت می‌کرد که با همه کوچکی فضا و کمی امکانات و نیروی انسانیش گسترده‌ترین و مطمئن‌ترین رابطه را بین امام و مردم و مسئولین برقرار ساخته و کاملترین خدمات اطلاعاتی و ارتباطی را به رهبری انقلاب ارائه می‌نمود.

صبحگاه روز 21 اسفند 1373 خبر بستری شدن یادگار امام، نخست موجی از نگرانی در جماران و دقایقی بعد در شهر تهران و پس از آن در سرتاسر ایران پدید آورد و پس از پنج روز، تلاش خستگی‌ناپذیر تیم پزشکی نتیجه‌ای نبخشید و «احمد خمینی» همان کسی که نامش، و یادش و تصویرش و فداکاریهای بیمانندش تا ابد در کنار نام مبارک «امام خمینی» در قلب و روح و روان عاشقان انقلاب اسلامی پرجلوه و پراثر باقی خواهد ماند، ندای حق را در شامگاه 25 اسفند 1377 لبیک گفت.
سید احمد خمینی از حامیان ولایت فقیه و رهبری حضرت آیت الله العظمی خامنه ای بود. او در سال 1369  از رهبر معظم انقلاب به عنون شاگرد امام خمینی یاد می کند و با بیان اینکه هیچکس حق شکستن حریم رهبری را ندارد و از همه خواست تا به دستورات رهبری عمل کنند و گفت: ما امروز موظف هستیم پشت سر مقام رهبری حضرت آیت‌الله خامنه‌ای حرکت کنیم. هر چه ایشان گفت گوش کنیم، اگر روزی حرکت ما با حرکت ولی نخواند، بدانید که نقص از ماست... اطاعت از خامنه‌ای، اطاعت از امام است. هر کس منکر این معنا شود، مطمئن باشید در خط امام نیست و هر کس بگوید که اطاعت از امام غیر از اطاعت از حضرت آیت‌الله خامنه‌ای است در خط آمریکاست. من بعد از رحلت امام، با خدا و امام عهد کرده‌ام که کوچکترین قدمی را علیه رهبری و برخلاف رهبری و حتی برخلاف میل رهبری برندارم.

حاج احمد آقا در دوران پربرکت زندگیشان خدمات گسترده ای را به اسلام و انقلاب انجام دادند. اما بویژه در دوران حیات امام خمینی (ره) همواره در معرض خبرسازی ها و سوء تبلیغات ضد انقلاب و دشمنان کشور قرار داشت. رویه ای که بعدها نیز برای فرزندان رهبر معظم انقلاب هم دنبال شد.

فرزندان حاج احمد
حاج احمد از خود سه فرزند به نام‌های سید حسن خمینی، سید یاسر خمینی و سید علی خمینی به جا گذاشت. پسر بزرگ وی سید حسن خمینی است که اکنون تولیت آرامگاه روح‌الله خمینی را بر عهده دارد. همسر او سید فاطمه طباطبایی دختر آیت الله العظمی سلطانی طباطبایی (ره) از سادات طباطبایی بروجرد است که  آثار خمینی را جمع‌آوری نموده‌است.

سید حسن خمینی تولیت آستان مقدس حرم حضرت امام خمینی ره را برعهده دارد. در انتخابات ریاست جمهوری نامی از او برای حضور در انتخابات به میان می آید و اما به گفته خودش « این شایعات همیشه مطرح بوده و ما هم نمی‌توانیم مداوماً تکذیبیه صادر کنیم.»

نام سید یاسر خمینی سید یاسر خمینی از سال 88 و پس از انتخابات ریاست جمهوری دهم بواسطه دیدار با زندانیان حوادث پس از انتخابات در رسانه ها پررنگ شد. او با سیده حورا صدر، دختر سید محمد صدر ازدواج کرده‌است.

سید علی خمینی کوچکترین فرزند سید احمد خمینی و داماد سید جواد شهرستانی است که خود داماد آیت‌الله سیستانی، از مراجع تقلید شیعه‌است. عمده سرشناسی وی به دلیل وجود تصویری از وی با امام خمینی در اواخر عمر او است.

دختران امام
از امام خمینی سه دختر به نام های زهرا، صدیقه و فریده به یادگار مانده است. زهرا مصطفوی به نسبت سیده فریده و سیده صدیقه در عرصه سیاسی و اجتماعی فعالیت چشمگیرتری دارد. او دبیر کلی تشکل جمعیت زنان جمهوری اسلامی ایران را بر عهده دارد. همسر زهرا مصطفوی، محمود بروجردی است. محمود بروجردی داماد ارشد امام معاون اسبق وزارت آموزش عالی و سفیر سابق ایران در فنلاند هفتم  اسفند 1389 در بیمارستان لاله درگذشت.

نام زهرا اشراقی نوه حضرت امام  درعرصه های اجتماعی و سیاسی بیشتر از نام مادرش صدیقه مصطفوی به گوش خورده است. زهرا اشراقی همسر محمدرضا خاتمی است . ورود او به موضوعات سیاسی و اجتماعی و اظهارنظرهای وی در این حوزه ها، از این نوه دختری امام یک چهره سیاسی ساخته است. چندی پیش او در یادداشتی که هفته نامه آسمان منتشر کرد با بیان اینکه « انتخابات را می‌توان آزمونی برای محبوبیت و مشروعیت نظام دانست» نوشته بود  اصلاح‌طلبان و به‌طور کلی اصلاحات به توجه به پایگاهی که در جامعه دارند و با تجربه هشت ساله‌ای که پشت‌سر گذاشته‌اند در قیاس با دو دوره اخیر می‌توانند طیف عظیمی از افراد جامعه را به پای صندوق بکشانند و این برگ برنده‌ای است که حاکمیت و کشور می‌تواند از آن بهره جوید. نعیمه اشراقی اما این اواخر با اظهار نظرهای جنجالی خود حتی بیشتر از همسر محمد رضا خاتمی در محور رسانه قرار گرفته است. اوج این نظرهای جنجالی زمانی بود که او چندی پیش در گفت وگویی با سایت جماران تفسیری از حجاب برتر و چادر به دست داد. وی گفته بود: ««ما نمی‌توانیم بگوییم که حجاب شرعی نیست، حجاب قطعاً شرعی است. به اعتقاد من، صرفا اجباری بودن حجاب است که شاید شرعی نباشد. البته حجاب به این شدتی که بعضی علما بر آن پافشاری می‌کنند، نیست و ما یک کم غلظت آن را زیاد کرده‌ایم. مثلاً حجاب زنان پیغمبر با حجاب زنان دیگر فرق می‌کرده، و برای بقیه سختگیرانه نبوده است و ما خودمان، حجاب را سخت کردیم. برای مثال، استفاده از چادر برای کسی که فعالیت اجتماعی می‌کند، پوشش سخت و نامناسبی است، زیرا عملاً یک دست را از او گرفته است، زیرا یک دست او باید به چادرش باشد». از این دست اظهار نظرها در صفحات فیس بوک نعیمه اشراقی هم دیده می شود وی در جدیدترین پست خود در فیس بوک، یک نظرسنجی انجام داده و از مخاطبان و حلقه دوستانش پرسیده است که بین اسفندیار رحیم مشایی و سید محمد خاتمی به کدام یک رای خواهند داد؟

دختر دیگر آیت الله خمینی فریده نام دارد. همسر وی محمد حسن اعرابی است و تنها فرزند آنها فرشته نام دارد.